GPUS didirikan pada tahun 2001 sebagai evolusi dari Asosiasi Partai-Partai Hijau Negara Bagian (ASGP), yang dibentuk pada tahun 1996.[8] Setelah berdiri, GPUS segera menjadi organisasi hijau nasional utama di Amerika Serikat, mengalahkan Greens/Green Party USA (G/GPUSA), yang dibentuk pada 1991 dan berawal dari Komite Koresponden Hijau (CoC), sebuah perkumpulan kelompok-kelompok hijau lokal yang aktif sejak tahun 1984.[9] ASGP semakin menjauhkan diri dari G/GPUSA pada akhir 1990-an.[10]
Partai Hijau mendapat perhatian publik yang luas selama pemilihan presiden tahun 2000, ketika calon yang mereka usung, yakni Ralph Nader dan Winona LaDuke meraih 2,7 % suara rakyat. Nader dicela oleh banyak kalangan, baik dari Partai Demokrat dan bahkan Partai Hijau, yang menuduh dirinya yang telah merusak perolehan suara Al Gore, kandidat dari Demokrat.[11] Tingkat dari dampak yang ditimbulkan Nader pada pemiihan presiden tahun 2000 masih kontroversial.[12][13]
GPUS telah memiliki beberapa anggota yang terpilih menjadi anggota legislatif negara bagian, termasuk di California, Maine dan Arkansas. Pada September 2017, politikus independen Ralph Chapman, anggota Dewan Perwakilan Maine, mengalihkan afiliasi politiknya ke Partai Hijau.[14] Sejumlah anggota Partai Hijau di Amerika Serikat memegang posisi di tingkat kotamadya, termasuk di dewan sekolah, dewan kota dan sebagai wali kota.