Untuk meningkatkan mutu pelayanan kemudian Museum Sandi dipindahkan ke bangunan cagar budaya berarsitektur Belanda, yang digunakan sebagai kantor Kementerian Luar Negeri pada tahun 1947 di jalan Faridan Muridan Noto 21 Kotabaru, Yogyakarta. Secara resmi oleh Kepala Badan Siber dan Sandi Negara Mayor Jenderal TNI Dr. Djoko Setiadi M.Si., bersama dengan Gubernur DIY Sri Sultan Hamengku Buwono X pada tanggal 29 Januari 2014.
Pengunjung bisa mempelajari cara membuat sandi secara sederhana serta belajar tentang sejarah pendirian institusi pengamanan berita rahasia pada awal kemerdekaan Indonesia oleh Bapak Persandian Indonesia - dr. Roebiono Kertopati pada tanggal 4 April 1946.
Museum Sandi juga mengelola Situs Rumah Sandi yang berada di Dukuh, Purwoharjo, Samigaluh, Kulonprogo dan Monumen Sanapati yang berada di jalan I Dewa Nyoman Oka tepatnya di sebelah timur Gereja Santo Antonius, Kotabaru.
Situs Rumah Sandi merupakan kantor sandi darurat pada masa Agresi Militer ke-II pada tahun 1948, sedangkan Monumen Sanapati merupakan tetenger untuk memperingati 50 tahun berdirinya Persandian Indonesia yang diresmikan pada tanggal 4 April 1996 oleh menteri Sekertaris Negara - Moerdiono.
Kepala Museum Sandi
Sejak menjadi Unit Pelaksana Teknis di BSSN, Museum Sandi dipimpin oleh seorang Kepala yang langsung bertanggung jawab kepada Direktur Proteksi Ekonomi Digital BSSN. Kepala Museum Sandi pertama kali dipimpin oleh Bapak Setyo Budi Prabowo, S.ST
Koleksi dan Fasilitas Museum Sandi
Realia mesin sandi buatan dalam dan luar negeri
Replika alat persandian masa Yunani kuno, Mesir kuno dan Persia
Diorama pembentukan dinas kode
Maket Rumah Sandi Dukuh
Realia meja dan kursi Kamar Sandi Dukuh, Samigaluh, Kulonprogo
Replika sepeda kurir sandi
Replika buku kode, Surat Keputusan Presiden, dan dokumen lainnya
Peta komunikasi sandi dan denah kotabaru pada masa Hindia-Belanda
Foto para Kepala BSSN dan foto para perintis Dinas Kode
