Maskapai penerbangan ini didirikan pada bulan April 2007 [1][7] dan telah dibuat oleh pemerintah Sri Lanka untuk mengoperasikan layanan ke India dan Timur Tengah. Maskapai ini diberi nama setelah Mahinda Rajapakse, Presiden Sri Lanka.
Pada bulan September 2011, Mihin Lanka mengumumkan bahwa mereka berencana untuk melayani Manila, Bangkok dan Kozhikode, setelah mengambil pengiriman pesawat ketiga.[3]
Pada tanggal 6 Januari 2008, penerbangan MJ401 dari Colombo ke Dubai terpaksa mengeluarkan panggilan Mayday dan melakukan pendaratan darurat di Bandar Udara Internasional Chhatrapati Shivaji di Mumbai setelah satu mesin mengembangkan kebocoran minyak parah dan berhenti bekerja. Penumpang diberitahu bahwa insiden itu karena pesawat meninggalkan Kolombo tanpa komponen vital dalam satu mesin. Tidak ada yang terluka.[9]
