Pada 25 Februari 2022 pagi, masjid ini hancur akibat gempa bumi berkekuatan 6,1 Mw yang mengguncang Kabupaten Pasaman Barat. Saat itu, tengah berlangsung kegiatan wirid pekanan. Seorang jemaah lansia tak bisa melarikan diri dan tewas tertimpa rentuhan masjid.[2]
Menurut penelitian Pusat Studi Industri Konstruksi Universitas Andalas, runtuhnya masjid ini lantaran sudah melewati masa umur bangunan.[3]
Pembangunan kembali Masjid Raya Kajai dimulai pada 15 Mei 2022 dengan bantuan seorang donatur, Merry Warti, seorang pengusaha asal Tanah Datar.[4] Pembangunannya selesai dan diresmikan pada 30 Januari 2023.[5]
