Masjid ini dibangun oleh arsitek Karbalayi Safikhan Karabakhi dari tahun 1868 hingga 1870. Masjid tersebut dibangun dengan gaya khas untuk masjid di wilayah Karabakh, termasuk pembagian kolom batu pada galeri berlantai dua dan penggunaan langit-langit berkubah. Masjid lainnya dalam gaya ini termasuk Masjid Barda, Masjid Govharaga di Shusha, sebuah masjid di Fizuli dan satu di desa Goradiz.[2]
Perang Nagorno-Karabakh
Setelah Khojaly diinvasi oleh pasukan Karabakh-Armenia pada 29 Februari1992, 200 mayat pertama ditempatkan di masjid ini.[3] Namun, menurut direktur masjid Seyid Sadiqov, ada 477 mayat yang diletakkan di masjid ini.[4]
Kondisi saat ini
Di antara bangunan pemukiman yang ada di Aghdam, masjid adalah salah satu yang terbaik dipertahankan. Sumber Azerbaijan, bagaimanapun, melaporkan bahwa atap dan loteng masjid telah ditarik ke bawah, sementara jendela, pintu, interior selesai, bahkan lantai marmer telah hancur.[5]
Pada bulan Juni 2010 Andrei Galafyev, seorang fotografer yang mengunjungi masjid pada tahun 2007, melaporkan bahwa "Lantai di masjid ini seluruhnya kotor dengan kotoran sapi, oleh yang mengembara di atas reruntuhan Agdam di siang hari.”[6] Foto-fotonya menunjukkan ternak dalam masjid. Laporan ini menghasilkan kritik dari koran Azerbaijan dan organisasi Turki, yang mengeluhkan bahwa masjid digunakan sebagai kandang sapi dan kandang babi.[6]
Pada November 2010 pemerintah Nagorno-Karabakh menginformasikan bahwa masjid dan sekitarnya dibersihkan.[7] Mereka juga mengumumkan bahwa masjid Agdam, serta masjid-masjid di Shusha, telah diperbaharui.[1]