Sebanyak 40 tim (tim berperingkat 1-27 dalam daftar peserta CAF dan 13 pemenang dari babak pertama) bermain dalam sistem kandang-tandang untuk dua kali pertandingan. 20 pemenang berhak mengikuti kualifikasi babak ketiga.
^ abFIFA memberikan kemenangan 3–0 pada RD Kongo karena Burundi memainkan pemain tidak resmi Gaël Bigirimana.[6] Pertandingan resmi berakhir dengan skor 2–2.
^Guinea memainkan pertandingan kandang di Maroko karena adanya wabah Ebola di Afrika Barat.
^Libya memainkan pertandingan kandang di Tunisia karena adanya perang sipil di Libya.