Nama Kotabaru hanya dipakai sebagai identitas ibu kota kabupaten, tetapi, dalam pembagian administrasi tidak ada nama Kotabaru, baik sebagai kota, maupun sebagai kecamatan. Secara administratif, Kotabaru hingga perkembangannya ke depan sesuai aturan yang juga masuk dalam wilayah kecamatan Pulau Laut Utara.
Luas wilayah Kotabaru ini adalah 41,16 km² atau sekitar 25,83% dari total luas
kecamatan Pulau Laut Utara yang mencapai 159,3 km².[4] kotabaru berjarak 298 km sebelah timur Ibu Kota Provinsi Kalimantan Selatan, yaitu Kota Banjarbaru.
Kotabaru yang terletak di Pulau Laut, sebuah pulau yang terpisah dari daratan pulau Kalimantan ini, terdapat pelabuhan khusus batubara milik PT Arutmin Indonesia yang diberi nama NPLCT, atau North Pulau Laut Coal Terminal. Selain itu juga terdapat pelabuhan yang menjadi basis dari Lanal (AL), pelabuhan milik PT Pelindo III Cabang Kotabaru, Pelabuhan Mekar Putih PT Indonesia Bulk Terminal serta pelabuhan penyeberangan fery dari Stagen ke Terjun PT Benua Raya Katulistiwa (BRK).
Kotabaru yang merupakan ibu kota Kabupaten ini, berada di tepi Selat Laut. Kotabaru dihiasi gunung yang oleh warga disebut Gunung Sebatung. Beberapa Bupati yang pernah menjadi Kepala daerah di Kabupaten Kotabaru adalah; Basrindu, Gusti Syamsir Alam, N. Sutedjo, Bektam, Tata M Anwar, dan Syahrani Mataya. Lagu Daerah dari Kotabaru adalah Paris Barantai.
Kelurahan
Wilayah ibu kota Kabupaten Kotabaru terdiri atas beberapa kelurahan,[5] antara lain:
Sedangkan beberapa desa lainnya tidak dimasukkan ke dalam daftar wilayah ibu kota Kabupaten karena hanya kelurahan-lah yang dimasukkan ke dalam wilayah ibu kota kabupaten Kotabaru.
