Lonergan lahir di Bronx, New York City, New York. Ibunya merupakan seorang Yahudi dan ayahnya adalah keturunan Irlanda.[1] Lonergan mulai menulis saat SMA di Sekolah Walden (sekarang sudah tidak beroperasi, sekolah swasta yang sangat progresif di Manhattan dan dikenal karena program dramanya yang kuat).
Sandiwara pertamanya adalah The Rennings Children, yang ia mainkan pada tahun 1982 dalam acara Festival Dramawan Remaja. Lonergan melanjutkan pendidikannya di Universitas Wesleyan, di sana ia dilatih sebagai pemain drama dan sutradara;[2] ia kemudian melanjutkan studinya di Program Penulisan Drama NYU.
