Kementerian Dalam Negeri dibentuk pada 1959 ketika Singapura mendapatkan pemerintahan sendiri dari Britania Raya. Kementerian bertempat di Gedung Empress Place hingga 16 September 1963, ketika Singapura bergabung dengan Malaysia dan urusan dalam negeri menjadi tanggung jawab federal.
Setelah meraih kemerdekaan pada 9 Agustus 1965 dari Malaysia, kementerian ini kembali menduduki Gedung Empress Place di bawah naungan Kementerian Dalam Negeri dan Pertahanan (Ministry of Interior and Defence, MID). MID menempati gedung tersebut selama beberapa bulan sebelum berpindah ke Pear's Hill (bekas Lower Barracks of Police).
Pada 11 Agustus 1970, Kementerian Dalam Negeri dan Pertahanan berpisah menjadi dua kementerian, Kementerian Dalam Negeri (Ministry of Home Affairs, MHA) dan Kementerian Pertahanan (Ministry of Defence, MINDEF). MHA tetap menempati Pearl's Hill hingga Agustus 1977 sebelum berpindah ke Phoenix Park di Tanglin Road.
MHA, bersama dengan Markas Polisi, pindah ke tempat baru di New Phoenix Park pada 18 Agustus 2001.