Ia adalah anak kedua John Frederick I, Elektor Sachsen, dan Sybille dari Cleves. Saat kelahirannya, ayahnya masih menyandang gelar Elektor Sachsen, tetapi kemudian gelar tersebut dicabut pada tahun 1547 setelah ia ditangkap oleh pasukan Kaisar Charles V karena memberikan kepada Reformasi Protestan yang dianggap terlarang. John Frederick I kemudian dibebaskan lalu menyandang gelar yang lebih rendah dari sebelumnya, yakni Adipati Sachsen dan menguasai wilayah yang lebih kecil. Pada tahun 1554, setelah kematian ayahnya, John William mewarisi Kadipaten Sachsen bersama kakaknya, John Frederick II, dan adiknya, John Frederick III.
Tiga bersaudara ini lalu membagi wilayah kadipaten ini menjadi tiga. John Frederick II sebagai kepala wangsa mendapat Eisenach dan Coburg; John William mendapat wilayah Weimar dan John Frederick III berkuasa di Gotha. Pada tahun 1565, saat John Frederick III meninggal tanpa memiliki pewaris takhta, dua bersaudara yang tersisa membuat perjanjian kembali tentang pembagian wilayah kekuasaan, dimana John Frederick II mengambil alih kekuasaan di Gotha, dan John William tetap berkuasa di Weimar. Perjanjian ini juga memuat bahwa dua bersaudara ini dapat mengubah tatanan wilayah kekuasaan setiap tiga tahun sekali, tetapi hal ini tidak pernah terjadi.
Setelah kakaknya tertangkap oleh kekaisaran karena telah melakukan pemberontakan kepada Kaisar Maximilian II. Seluruh pemerintahan di wilayah Sachsen diberikan kepada John William.
John William lalu menjadi pihak yang akhirnya membantu kekaisaran (berkebalikan dengan ayah dan kakaknya yang memusuhi). Hal ini ditandai dengan masuknya John William menjadi Jenderal untuk pasukan Raja Charles IX dari Prancis melawan Huguenot (Kekaisaran Habsburg). Hal ini membuatnya semakin jauh dari sosok seorang Protestan. Karena John William adalah anggota Wangsa Wettin, yang memiliki kewajiban melindungi kaum Protestan di Jerman. Namun, ia malah bergabung dengan Kerajaan Katolik Prancis melawan Huguenots yang beraliran Protestan.
Kaisar lalu mengadu domba dua anak John Frederick II dengan John William. Melalui Divisi Erfurt pada tahun 1572, Kadipaten Sachsen lalu dibagi menjadi tiga bagian. John Casimir (anak sulung John Frederick II), menerima wilayah Coburg, dan John Ernest (adik John Casimir), menerima Eisenach. Sedangkan, John William hanya menguasai bagian kecil dari Kadipaten, yakni wilayah-wilayah di sekitar Weimar, tetapi ia menambahkan Altenburg, Gotha, dan Meiningen ke dalam wilayah kekuasaanya.
Justus Lipsius: Oratio In funere illustrißimi principis ac Dn. D. Johannis Guilielmi Ducis Saxoniae Lantgravii Thuringiae, Marchionis Misniae, habita Ienae ad XII. Calend. April: Anno 1573, ohne Ort 1601 (Digitalisat der ULB Sachsen-Anhalt)
