Jaafar memegang jabatan saat Temenggung Abu Bakar menjadikan dirinya sendiri sebagai Sultan Johor dan merumuskan sebuah framework administratif dan konstitusi baru untuk Johor pada 1885. Tempat tinggalnya untuk sebagian besar masa akhir hidupnya adalah Istana Bukit Senyum yang dibangun pada 1883 dan sebuah SMA yang berada di belakang istana tersebut, Sekolah Dato Jaafar dinamai dengan namanya.
Jaafar menikah sebanyak lima kali,[2] dan tiga putranya juga menjadi Menteri Besar setelahnya, termasuk bapak nasionalisme Melayu modern, Dato Onn Jaafar.
