Gereja Santo Yohanes Pembaptis adalah sebuah reruntuhan gereja yang sekarang terletak di Kawasan Industrial SEEPZ, Andheri (Mumbai). Gereja tersebut dibangun oleh YesuitPortugis pada 1579 dan dibuka untuk ibadah umum pada perayaan Yohanes Pembaptis tahun tersebut. Gereja tersebut juga memiliki sebuah pemakaman. Gereja tersebut hancur pada 1840 setelah sebuah epidemik menyerang desa tersebut. Fr. José Lourenço Pais, yang pada waktu itu menjadi Vikar Kondivita memindahkan gereja ke desa Marol. Tempat pembaptisan, pilar dan altar dipindahkan ke gereja baru.
Seteah hancur, gereja tersebut menjadi bobrok dan lumut-lumut bermunculan di reruntuhan tersebut. Meskipun hancur, umat Kristen asli mengunjungi gereja tersebut sekali setiap tahun, sesuai dengan tradisi di seluruh dunia.