François Bédarida dilahirkan di keluarga cendekiawan Katolik. Ayahnya, Henri Bédarida, adalah spesialis kajian Italia dan seorang profesor di Sorbonne. François mengenyam pendidikan di Lycée Montaigne (Paris), Lycée Louis-le-Grand, dan Lycée Henri-IV, dan ia dianggap sebagai siswa yang cerdas.[2]
Pada saat Prancis diduduki oleh Jerman Nazi, ayahnya memberi perlindungan kepada imam Katolik Pierre Chaillet SJ.[3][4] Bédarida yang masih muda terlibat dalam gerakan perlawanan Prancis dan bergabung dengan gerakan Témoignage chrétien; di situ ia bertemu dengan wanita yang akan menjadi istrinya, Renée Bédarida.[1]
