Pada 1926, ia menjadi pegawai negeri di Berlin dan diserahi tanggungjawab bidang transportasi. Salah satu pencapaiannya adalah pendirian Berliner Verkehrsbetriebe (BVG), tiket transportasi umum terpadu, dan perpanjangan dari sistem kereta bawah tanah Berlin.
Dari 1931 sampai 1933 Reuter adalah wali kota Magdeburg, di mana ia berjuang melawan kurangnya sarana perumahan dan pekerjaan karena krisis ekonomi. Ia juga dipilih sebagai anggota Reichstag. Pada 1933, dengan partai Nazi berkuasa, ia dipaksa mengundurkan diri dan dikirim ke kamp konsentrasi di Lichtenburg dekat Torgau. Setelah dibebaskan, ia mengungsi ke Turki dan tinggal di sana sampai akhir Perang Dunia II. Di Ankara ia mengajar perencanaan kota.
Berlin setelah perang
Setelah akhir perang, Reuter kembali ke Berlin, dan dipilih pada 1946 sebagai anggota Magistrat di mana ia bertanggung jawab mengenai transportasi. Pada 1947 ia dipilih sebagai Oberbürgermeister Berlin namun, karena Perang Dingin, tidak disetujui oleh pemerintah Soviet.
Selama Blokade Berlin oleh Soviet (1948/49), bagian barat kota tersebut ditunjang oleh Berliner Luftbrücke yang dimulai oleh American Military Governor, Lucius D. Clay. Menanggapi ancaman ini, warga kota di sektor barat bergabung. Ernst Reuter menjadi juru bicara dan pemimpin mereka, lambang "Berlin yang bebas". Pidato Reuter di depan gedung Reichstag yang terbakar pada 9 September1948 di depan 300.000 orang, di mana ia meminta agar dunia tidak melupakan Berlin, sangat berkesan. Dalam pemilihan di Berlin bagian barat dua bulan kemudian, SPD meraih kemenangan 64,5% berkat kepopuleran Reuter. Ini adalah rekor kemenangan terbesar dalam pemilihan umum bebas di Jerman. Sebagai wali kota ia membentuk koalisi besar dengan kedua partai besar lainnya untuk menunjukkan bahwa Berlin Barat bersatu.
Ketika Undang-Undang Dasar Berlin berlaku di Berlin Barat, Reuter dipilih kembali pada 18 Januari1951 menjadi Regierender Bürgermeister Berlin. Ia menjabat sampai akhir hayatnya.
Di bawah pemerintahannya, Freie Universität Berlin didirikan, karena Humboldt-Universität zu Berlin yang sebelumnya menjadi perguruan tinggi tradisional terletak di sektor Soviet. Pada 1953, Reuter mendirikan "Bürgermeister-Reuter-Stiftung" (Yayasan Wali kota Reuter) untuk membantu kaum pengungsi yang datang ke Berlin Barat.
Beberapa minggu setelah kerusuhan 1953 di Jerman Timur, Reuter meninggal secara tiba-tiba karena serangan jantung di Berlin pada usia 64. Pemakamannya dihadiri lebih dari 1 juta orang. Makamnya adalah di Waldfriedhof di Berlin-Dahlem.
Keluarga
Ernst Reuter menikah pada 1920 dengan istrinya Hanna, mereka dikaruniai dua anak. Anak laki-lakinya, Edzard, menjadi CEO Daimler-Benz.