Desa ini terdiri dari empat wilayah Kebayanan/Dusun:
Kebayanan I terdiri dari 6 dukuh : Mranggen (RT 03/01 dan 04/01), Gagan (RT 01/01 dan 02/01), Mbendungan (RT 04/01 dan 02/02), Ndukuhrejo (RT 01/02), Potrowanen (RT 03/02 dan 04/02), dan Dukuh Donohudan (RT 05/02).
Kebayanan II terdiri dari 6 dukuh : Sanggrahan (RT 01/03), Nggorongan (RT 02/03 dan RT 03/03), Brogo Kulon (RT 05/04), Brogo Tengah (RT 04/04, 03/04, dan 02/04), Brogo Wetan (RT 01/04), dan Ngebrak (RT O1/04).
Kebayanan III terdiri dari 4 dukuh : Ngemplak (RT 04/05, 03/05, dan 01/05), Jithengan (RT 02/05), Tegal Ayu (RW 06), dan Tegalan (RW 06).
Kebayanan IV terdiri dari 2 dukuh : Njebol (RW 07), dan Menjing-donohudan (RW 08).
Ekonomi
Terdapat pula sebuah pasar di Dukuh Gagan yang disebut Pasar Gagan. Selain itu di sekitar Asrama Haji Donohudan, bisa ditemui banyak pedagang makanan dari pagi hingga malam hari, yang menjadi tempat tujuan wisata kuliner masyarakat Kecamatan Ngemplak.
Geografi
Desa ini adalah salah satu desa di Kecamatan Ngemplak yang berbatasan di bagian selatan dengan Sungai Pepe, selain Gagaksipat, Ngesrep dan Sawahan.
Keagamaan
Hampir 99% penduduk desa Donohudan menganut agama Islam. Masjid-masjid, Taman Pendidikan Al Qur'an, dan Pengajian-pengajian semarak terselenggara di seluruh penjuru desa. Terdapat sebuah pondok pesantren di dukuh Menjing. Di seluruh wilayah desa Donohudan, terdapat sebanyak 15 masjid dan 17 langgar/musholla. Embarkasi/Asrama Haji yang berada di dukuh Ngemplak Jithengan, Donohudan, menjadi pusat pemberangkatan ribuan calon jamaah haji dari provinsi Jawa Tengah dan Daerah Istimewa Yogyakarta. Kantor Urusan Agama (KUA) Kecamatan Ngemplak dan Gedung IPHI (Ikatan Persaudaraan Haji Indonesia) Kecamatan Ngemplak, berada di dukuh Sanggrahan, Donohudan, dan sering menjadi tempat syi'ar agama Islam.
