^Ketiga calon Ketua Umum yang telah disepakati, yaitu Amin Azis, Hatta Rajasa dan Abdillah Toha mengundurkan diri dengan alasan masing-masing.
^Enam calon Ketua Umum dinyatakan tidak maju dalam kongres, diantaranya Hatta Rajasa yang mengundurkan diri, Afni Achmad dan Samuel Koto dinyatakan tidak memenuhi persyaratan, serta Didik J. Rachbini, Muslim Abdurrahman, dan Bambang Sudibyo berkoalisi dalam kongres
^Pada 1 Juni 2005, Soetrisno didesak mundur dari jabatannya sebagai Ketua Umum lantaran perusahaannya tercatat memiliki kredit macet di Bank Mandiri.[7] Bahkan, PAN hampir saja menggelar kongres luar biasa akibat konflik ini.
^Hatta Rajasa menyatakan mundur ketika penyampaian visi misi calon ketua umum dan mengalihkan dukungannya kepada Soetrisno Bachir.[11]
^Calon Ketua Umum Drajad Wibowo mengundurkan diri.
^Calon Ketua Umum Asman Abnur mengundurkan diri menjelang kongres.