Desa Cisujen adalah Desa Pemekaran dari Desa Ciroyom Kecamatan Sukanagara yaitu pada tahun 1982. Sebelum menjadi Desa yang mempunyai kedaulatan penuh untuk mengurus rumah tangganya sendiri Desa Cisujen hanya merupakan wilayah kedusunan yaitu Kedusunan Cisujen yang di Pimpinan Oleh Bapak A. Suharja selaku Kepala Dusun Cisujen dan pusat Pemerintahannya adalah Desa Ciroyom, Setelah berkembangnya Penduduk serta kepemilikan wilayah yang cukup maka Berdasarkan hasil musyawarah para tokoh masyarakat Cisujen maka pada tanggal 28 Desember 1982 Kedusunan Cisujen ditetapkan menjadi Desa Cisujen Kepala Desanya adalah Bapak A. Suharja dan ruang lingkupnya berada dilingkungan Kecamatan Takokak, dan Pusat Pemerintahannya berdiri diatas tanah HGU PT. Pasir Luhur dengan setatus hak guna pakai sampai sekarang .
Nama Cisujen menurut cerita sesepuh, mempunyai 2 (Dua) yaitu Ci artinya Cai/Air dan Sujen diambil dari kata Suja yang artinya penusuk, pengambungan kata tersebut menjadi Air yang menusuk, hal tersebut dibuktikan dengan adanya 2 buah aliran sungai yang membentuk pertigaan. Salah Satu sungai seakan menusuk sungai didepannya.
Desa Cisujen sejak didaulat menjadi pusat Pemerintahan Desa telah mengalami beberapa kali pergantian kepemimpinan diantaranya sebagai berikut :
- Dari tahun 1982-1990 dipimpin oleh Bapak A. Suharja
- Dari tahun 1990-1998 dipimpin oleh Bapak Oma Priatna
- Dari tahun 1998-1999 dipimpin oleh Bapak Endang Sutaryat (PJS)
- Dari tahun 1999-2005 dipimpin oleh Bapak Uum Suanda
- Dari tahun 2005-2006 dipimpin oleh Bapak Muhamad Latip S (PJS)
- Dari tahun 2006-2012 dipimpin oleh Bapak Uum Suanda
- Dari tahun 2012-2013 dipimpin oleh Bapak Muhamad Latip S (PJS)
- Dari tahun 2013-2018 dipimpin oleh Bapak A.D Bunyamin
- Dari tahun 2019-2020 dipimpin oleh Bapak Dadan (PJS)
