Sebuah sumber menyatakan bahwa nama Desa Bongas diambil dari kata Bongas yang merupakan singkatan dari Bojong Reunghas. Bojong berarti tempat yang merupakan sebuah tegalan dan berujung pada sebuah lembah. Sedangkan Reunghas berarti tumbuhan kayu yang dapat menimbulkan rasa gatal-gatal apabila tersentuh kulit.[butuh rujukan]
Sumber lain menerangkan mulai tahun 1930-an di sebuah lembah yang merupakan ujung dari Bojong Reunghas tersebut berdiri tempat pengkajian ilmu agama Islam yang menamakan diri “Babakan Ngabina Santri” Babakan berarti pembukaan lahan untuk dijadikan tempat tinggal, Ngabina berarti melaksanakan Pendidikan dan Pengajaran Ilmu Agama Islam, dan Santri berarti peserta didik pada pendidikan keagamaan. Sehingga pesantren atau tempat pendidikan agama Islam tersebut dinamakan Pesantren Bongas.[butuh rujukan] Sejak tahun 1941 berdiri sebuah desa dan penamaannya mengambil dari nama pesantren tersebut yakni Desa Bongas.[butuh rujukan]
