Bandar udara ini juga menjadi pusat sekolah penerbangan Aeroflite Aviation Corp sejak tahun 2006. Aeroflite menggunakan jalur Midway sebagai jalur parkir pesawatnya.
Penerbangan pelatihan dilakukan setiap hari kecuali hari libur dan selama VFR di Bandara Internasional Teluk Subic buka. Sekolah penerbangan memiliki armada Cessna 150, 152, 172, Piper Seneca dan Beechcraft Baron 58. Pelatihan penerbangan di Bandara Subic dilakukan di wilayah udara terkendali di mana komunikasi radio sangat penting.
Pada tanggal 17 Oktober 1999, FedEx Express Penerbangan 87, sebuah McDonnell Douglas MD-11F tiba dari Bandar Udara Internasional Hongqiao Shanghai, saat mendarat di landasan pacu Teluk Subic 07 meluncur ke landasan pacu 25, menabrak tiang beton dan menabrak pagar kawat sebelum terjun ke teluk. Seluruh pesawat terendam kecuali kokpit. Kode penerbangan tersebut kemudian dihapuskan.[4]