Mohorovičić lahir di Volosko, Opatija, di mana ayahnya (juga bernama Andrija), adalah seorang pandai besi yang membuat jangkar. Andrija muda juga mencintai laut dan menikahi putri dari seorang kapten, Silvija Vernić. Mereka memiliki empat putra.
Karier dalam pendidikan
Ia pertama kali menempuh pendidikan di sebuah sekolah tinggi di Zagreb (1879–1880), kemudian di sekolah sekunder di Osijek. Dari 1882, ia yang berusia sembilan tahun menempuh pendidikan di Royal Nautical School di Bakar, dekat Rijeka. Karyanya dimulai atau diselesaikan kemudian mempengaruhi karier ilmu pengetahuannya yang berikutnya. Dari 1893, ia menjadi anggota Fakultas Filosofi, Universitas Zagreb, pada 1917-18, ia mempelajari bidang geofisika dan astronomi. Pada 1898, ia menjadi anggota penuh pada yang kemudian bernama Akademi Ilmu Pengetahuan dan Seni Yugoslavia di Zagreb, di mana ia menjadi dosen swasta. Pada 1910, ia menjadi profesor universitas ikatan tituler.