Maskapai penerbangan ini didirikan pada Juni 2004 dan mulai beroperasi pada tanggal 15 November 2004. Hal ini dimiliki oleh Htoo Trading Co. Ltd yang merupakan bagian dari Militer dan memiliki 250 karyawan (pada Maret 2007). Layanan penerbangan internasional pertama diterbangkan dari Yangon ke Bangkok pada tanggal 15 Mei 2007,[3] dan penerbangan kedua ke Singapura dari 7 September 2007.
Pada Juni 2006, Air Bagan mendapat izin untuk terbang ke Tiongkok dan Bangkok, Thailand. Pada Oktober 2006, perusahaan mengumumkan bahwa mereka akan dimulai penerbangan ke Siem Reap, Kamboja. Air Bagan telah menambahkan dua A310-200 untuk mengoperasikan penerbangan internasional ke Bangkok, Singapura, Osaka, Seoul, Chennai dan Kunming pada tahun 2007.
