Huyện Yên Minh nằm ở phía đông bắc của tỉnh Hà Giang, nằm cách thành phố Hà Giang khoảng 98 km về hướng đông bắc theo Quốc lộ 4C, tỉnh lộ 176 theo hướng nam đi huyện Bắc Mê, cách trung tâm thủ đô Hà Nội khoảng 390 km, có vị trí địa lý:
Trước kia, Đồng Văn là tổng Đông Quan thuộc châu Bình Nguyên, phủ Tương Yên, tỉnh Tuyên Quang sau đó thuộc về châu Bảo Lạc do một thổ người Tày họ Nông ở Bảo Lạc cai quản như một lãnh địa.
Khi thực dân Pháp xâm lược, tách Đồng Văn khỏi Bảo Lạc. Dưới thời Pháp thuộc, toàn phủ Tương Yên trong đó có tổng Đông Quan được đặt trong đạo quan binh thứ 2 Hà Giang. Trong danh mục các làng xã Bắc Kỳ của Ngô Vi Liễn xuất bản năm 1928 thì tỉnh Hà Giang có hai châu (Bắc Quang, Vị Xuyên) và hai đại lý (Đồng Văn, Hoàng Su Phì).
Sau Cách mạng tháng 8 năm 1945, về mặt địa giới hành chính, trên danh nghĩa Đồng Văn vẫn như trước.
Ngày 13 tháng 12 năm 1962, Bộ Nội vụ ban hành Quyết định số 328-NV[6] về việc:
Đổi tên xã Hòa Bình thành xã Mèo Vạc
Đổi tên xã Tự Do thành xã Cán Chu Phìn
Đổi tên xã Thống Nhất thành xã Pả Vi
Đổi tên xã Phìn Lồ thành xã Phú Lũng.
Ngày 15 tháng 12 năm 1962, Hội đồng Chính phủ ban hành Quyết định số 211-CP[1] về việc thành lập huyện Yên Minh trên cơ sở tách 13 xã: Bạch Đích, Du Già, Đường Thượng, Lao Và Chải, Lũng Hồ, Mậu Duệ, Na Khê, Nậm Ban, Ngam La, Ngọc Long, Niêm Sơn, Tát Ngà và Yên Minh thuộc huyện Đồng Văn.
Ngày 21 tháng 12 năm 1982, Hội đồng Bộ trưởng ban hành Quyết định 179-HĐBT[8] về việc:
Tách 4 xã Phú Lũng, Thắng Mố, Sủng Tráng và Sủng Thài của huyện Đồng Văn sáp nhập vào huyện Yên Minh
Tách 3 xã Niêm Sơn, Nậm Ban và Tát Ngà của huyện Yên Minh sáp nhập vào huyện Mèo Vạc
Tách 3 xóm Séo Hồ, Bản Rào và Bản Đã của xã Bạch Đích sáp nhập vào xã Na Khê
Tách 4 xóm Đoàn Kết, Na Pao, Phía Lái và Súi Gia Thèn của xã Na Khê sáp nhập vào xã Bạch Đích.
Năm 1991, khi tách trở lại thành Tuyên Quang và Hà Giang, Yên Minh trở lại là huyện của tỉnh Hà Giang[9], bao gồm 14 xã: Bạch Đích, Du Già, Đường Thượng, Lao Và Chải, Lũng Hồ, Mậu Duệ, Na Khê, Ngam La, Ngọc Long, Phú Lũng, Sủng Thài, Sủng Tráng, Thắng Mố và Yên Minh.
Thành lập xã Du Tiến thuộc huyện Yên Minh trên cơ sở một phần xã Du Già
Thành lập xã Mậu Long thuộc huyện Yên Minh trên cơ sở một phần xã Mậu Duệ và xã Ngọc Long.
Ngày 20 tháng 8 năm 1999, Chính phủ ban hành Nghị định 74/1999/NĐ-CP[11] về việc chia xã Yên Minh thành thị trấn Yên Minh (thị trấn huyện lị huyện Yên Minh) và 2 xã: Hữu Vinh, Đông Minh.
Từ đó, huyện Yên Minh có 1 thị trấn và 17 xã như hiện nay.
^Thông tư 21/2013/TT-BTNMT ngày 01/08/2013 của Bộ Tài nguyên và Môi trường ban hành Danh mục địa danh dân cư, sơn văn, thủy văn, kinh tế - xã hội phục vụ công tác thành lập bản đồ tỉnh Hà Giang. Thuky Luat Online, 2016. Truy cập 25/12/2018.