Vịnh Panama cũng gồm có vài vịnh nhỏ: Panama Bay ở phía bắc, Vịnh Parita ở phía tây và vịnh San Miguel ở phía đông. Trên bờ vịnh này có một số cảng quan trọng, như Thành phố Panama, cảng La Palma và cảng Chitrè.
Quần đảo Pearl là một nhóm trên 200 đảo nhỏ nằm ở phía đông của vịnh này.
Sông Tuira - sông lớn nhất Panama - chảy vào vịnh San Miguel.