Thượng thị: Atago Fukuko (1656–1681; 愛宕福子), con gái của Atago Michitomi
Hoàng nhị tử: Thân vương tu sĩ Kanryū (1672–1707; 寛隆法親王)
Hoàng tứ nữ: Công chúa Tsuna (1675–1677; 綱宮)
Thượng thị: Gojō Yōko (1660–1683; 五条庸子), con gái của Gojō Tametsune
Hoàng tam tử: Hoàng tử San (1675–1677; 三宮)
Hoàng ngũ tử: Thân vương tu sĩ Gyōen (1676–1718; 尭延法親王)
Hoàng lục tử: Hoàng tử Tairei'in (1679; 台嶺院宮)
Thượng thị: Higashikuze Hiroko (1672–1752; 東久世博子), con gái của Higashikuze Michikado
Hoàng thập nhất tử: Hoàng tử Toku (1692–1693; 徳宮)
Hoàng thập nhị tử: Hoàng tử Riki (1697; 力宮)
Cung nữ: Onaikouji-no-Tsubone (?–1674; 多奈井小路局), con gái của Nishinotōin Tokinaga
Hoàng trưởng nữ: Công chúa Chikōin (1669; 知光院宮)
Cung nữ: Gojō Tsuneko (1673–?; 五条経子), con gái của Gojō Tametsune
Hoàng cửu tử: Công chúa Saku (1689–1692; 作宮)
Hoàng thập tử: Thân vương tu sĩ Syō'ou (1690–1712; 性応法親王)
Hoàng cửu nữ: Công chúa Bunki (1693–1702; 文喜女王)
Hoàng thập nữ: Công chúa Gensyū (1696–1752; 元秀女王)
Cung nữ: Tōshikibu-no-Tsubone (d.1746; 藤式部局), con gái của Reizei Sadaatsu
Hoàng thập tam tử: Thân vương tu sĩ Sonsyō (1699–1746; 尊賞法親王)
Hoàng thập nhất nữ: Công chúa Bun'ō (1702–1754; 文応女王)
Nữ quan: Irie Itsuko (?–1763; 入江伊津子), con gái của Irie Sukenao
Hoàng thập tứ tử: Hoàng tử Kachi (1709–1713; 嘉智宮)
Hoàng thập nhị nữ: Công chúa Tome (1711–1712; 留宮)
Nữ quan: Chūjō-no-Tsubone (1691–1753; 中将局), con gái của Kurahashi Yasusada
Hoàng thập ngũ tử: Hoàng tử Mine (1710–1713; 峯宮)
Nữ quan: Matsumuro Atsuko (?–1746; 松室敦子), con gái của Matsumuro Shigeatsu
Hoàng thập lục tử: Thân vương Arisugawa-no-miya Yorihito (1713–1769; 有栖川宮職仁親王) – Thân vương Arisugawa-no-miya thứ năm
Hoàng thập tam nữ: Nội thân vương Yoshiko (吉子内親王, 1714–1758), được gả cho Tướng QuânTokugawa Ietsugu
Hoàng thập bát tử: Thân vương tu sĩ Gyōkyō (1717–1764; 尭恭法親王)
Nữ quan: Shōshō-no-Tsubone (1702–1728; 少将局), con gái của Minami Suketada
Hoàng thập tứ nữ: Công chúa Yae (1721–1723; 八重宮)
Nữ quan: Matsumuro Nakako (1707–1751; 松室仲子), con gái của Matsumuro Shigenaka
Hoàng thập thất tử: Thân vương tu sĩ Son'in (1715–1740; 尊胤法親王)
Lên ngôi Thiên hoàng
Năm 1654, ông được đặt làm người thừa kế ngay khi anh trai là Thiên hoàng Go-Kōmyō còn sống.
Ngày 5 tháng 3 năm 1663, Thiên hoàng Go-Sai thoái vị; ngay sau đó Thân vương Satohito chính thức lên ngôi và lấy hiệu là Thiên hoàng Reigen. Ông dùng lại niên hiệu của anh trai, lập thành niên hiệu Kanbun nguyên niên (1663–1673).
Dưới thời Reigen trị vì, Nhật Bản gánh chịu nhiều tai ương: thành thị Edo và Kyoto bị đốt cháy 2 lần (1668, 1673 và 1682), đói lớn và lũ lụt làm nhiều người dân chết[6]. Cá biệt năm 1681, đói lớn ở Kyoto lan ra nhiều vùng xung quanh làm nhiều người chết. Bên cạnh đó, chính quyền cho lập các tòa án thẩm tra ở các làng để lùng bắt và trục xuất các tín đồ Thiên Chúa giáo ra khỏi Nhật Bản.[6] Hậu quả của những tai ương đó là hàng chục cuộc nổi dậy của nhân dân chống chính quyền, lớn nhất của cuộc nổi dậy của người Ainu do Shakushain lãnh đạo (1669 - 1672)[6].
Tuy nhiên, một điểm sáng dưới thời Reigen là Phật giáo lại được phát triển mạnh hơn bao giờ hết. Cụ thể là phái Phật giáo Hokke shu giúp các tín đồ thực hành để bảo vệ sự thuần khiết của tâm hồn nhằm chống lại sự cám dỗ xung quanh.
Ngày 02 tháng 5 năm 1687, Thiên hoàng Reigen thoái vị, nhường ngôi cho con trai. Con trai ông lên ngôi, lấy hiệu là Thiên hoàng Higashiyama.
Thoái vị
Sau khi rời ngôi, ông trở về sống và tu tập tại ngôi chùa. Ngôi chùa nơi ông ở được gọi là Sento Gosho- (cung điện của Cựu Hoàng đế)[7]. Năm 1732, ông ở hẳn ngôi chùa với pháp danh Sojo.