Mùa giải 1939-40 là mùa giải thứ 44 của Manchester United F.C. ở The Football League, và mùa giải thứ hai của Đội bóng trở lại Giải đấu cao nhất sau khi chơi ở giải hạng hai trong mùa giải 1937-1938. Tuy nhiên, do sự bùng nổ của Chiến tranh thế giới thứ hai vào tháng 9 năm 1939, mùa giải đã bị bỏ chỉ sau ba trận đấu và kết quả xóa khỏi hồ sơ của Liên đoàn bóng đá Football League. Vì lý do này, sự góp mặt và thực hiện các bàn thắng trong các trận đấu thuộc giải Football League không đóng góp vào tổng thể số lần ra sân và số bàn thắng của một cầu thủ.
Nhiều người trong số các cầu thủ của Manchester United đã tham gia chiến đấu trong chiến tranh, nhưng đối với những cầu thủ còn lại, Liên đoàn bóng đá đã tổ chức một giải đấu đặc biệt. Giải đấu trong Chiến tranh ban đầu được chia thành mười khu vực (Manchester United đã được vào khu vực phía Tây), phù hợp với giới hạn di chuyển khoảng 50 dặm của Chính phủ. Một giải đấu có tên là "War League Cup" cũng đã được thiết lập để thay thế giải FA Cup, mà cũng đã bị gián đoạn ở giai đoạn vòng sơ bộ. United kết thúc mùa giải với một kỷ lục 14 trận thắng và 8 trận thua, và cũng lọt vào vòng thứ hai của giải đấu War League Cup trước khi thua trận cuối cùng bởi đội bóng Blackburn Rovers.
