Trong quá khứ, bộ Gai được coi là tách biệt với họ Hoa hồng (Rosaceae), chủ yếu là do các hoa bị suy giảm rất mạnh và thường thụ phấn nhờ gió của nhóm này, và các họ khác hiện nay đặt trong bộ Hoa hồng thì trước đây cũng được đặt ở các nơi khác. Các mối quan hệ trong phạm vi bộ này vẫn chưa được rõ ràng, mặc dù Rosaceae có thể là nhóm có quan hệ chị-em với phần còn lại của bộ (hỗ trợ mạnh trong Savolainen và ctv. 2000[1], Wang và ctv. 2009[2]), còn Ulmaceae và các họ hàng của nó (bộ Urticales cũ) cùng Rhamnaceae và các họ hàng của nó có thể tạo thành hai nhánh khác nữa (Thulin và ctv. 1998[3]; Savolainen và ctv. 2000[4]; Richardson và ctv. 2000[5]; Sytsma và ctv. 2002[6] [vị trí của Rosaceae v.v. chưa chắc chắn], Wang và ctv. 2009[2]): xem cây phát sinh loài trong hình ở bên phải. Với cây phát sinh loài như thế này thì bộ Gai là nhóm cận ngành, do nó không có một số hậu duệ (các họ Dirachmaceae, Elaeagnaceae và Rhamnaceae) từ cùng một tổ tiên chung của cả nhóm này.
Ghi chú
^Savolainen V., M. W. Chase, S. B. Hoot, C. M. Morton, D. E. Soltis, C. Bayer, M. F. Fay, A. Y. De Bruijn, S. Sullivan, Y. L. Qiu. 2000. Phylogenetics of flowering plants based on combined analysis of plastid atpB and rbcL gene sequences, tóm tắt. Systematic Biology, quyển 49, số 2 tr.306-362, 1-4-2000.
^ abHengchang Wang, Michael J. Moore, Pamela S. Soltis, Charles D. Bell, Samuel F. Brockington, Roolse Alexandre, Charles C. Davis, Maribeth Latvis, Steven R. Manchester và Douglas E. Soltis (2009). Rosid radiation and the rapid rise of angiosperm-dominated forestsLưu trữ 2011-07-03 tại Wayback Machine. Proceedings of the National Academy of Sciences106(10):3853-3858. 10-3-2009.
^Thulin M., B. Bremer, J. Richardson, J. Niklasson, M. F. Fay, M. W. Chase, 1998, Family relationships of the enigmatic rosid genera Barbeya and Dirachma from the Horn of Africa region. Plant Systematics and Evolution, quyển 213, số 1-2 tháng 3 năm 1998, tr. 103-119, doi:10.1007/BF00988911
^Savolainen V., M. F. Fay, D. C. Albach, A. Backlund, M. van der Bank, K. M. Cameron, S. A. Johnson, M. D. Lledó, J.-C. Pintaud, M. Powell, M. C. Sheahan, D. E. Soltis, P. S. Soltis, P. Weston, W. M. Whitten, K. J. Wurdack, M. W. Chase. 2000. Phylogeny of the eudicots: a nearly complete familial analysis based on rbcl gene sequences. Kew Bulletin, quyển 55, số 2, tr. 257-309.