Năm 1311, Nguyên Nhân Tông đăng cơ. Tháng 3 năm Hoàng Khánh thứ 2 (1313), bà được sách lập Hoàng hậu, cử hành lễ phong và nhận sách bảo. Theo lệ nhà Nguyên, Hoàng đế được lập một lúc nhiều Hoàng hậu. Bên cạnh bà còn có Đáp Lý Ma Thất Lý hoàng hậu đồng tại vị, nhưng chỉ có bà nhận sách bảo nên được xem là chính thất Hoàng hậu duy nhất.
Trước khi Nguyên Vũ Tông, anh trai của Nhân Tông băng hà, Nhân Tông được phong Hoàng thái đệ với điều kiện sau khi mất phải truyền ngôi cho hậu duệ của Vũ Tông[1]. Tuy nhiên, Nhân Tông đã nuốt lời và phong con trai bà là Thạc Đức Bát Thích làm Thái tử vào năm 1316. Thái hậu Đáp Kỷ, mẹ Nhân Tông còn tiếp tay đuổi 2 người con còn sống của Vũ Tông là Đồ Thiếp Mục Ni và Hòa Thế Lạt khỏi cung, với lý do mẹ họ là thị thiếp và không thuộc tộc Hoằng Cát Lạt thị[2], mục đích bảo toàn thế lực ngoại thích ở triều đình.
Khôn tặng càn đức, sở dĩ trứ lưỡng nghi chi xưng; mẫu thống phụ tôn, sở dĩ sùng nhất bổn chi hào. Cố nhân thân nhi lập ái, nghi khảo lễ dĩ chính danh. Cung duy thánh mẫu, ôn từ huệ hòa, thục triết đoan ý. Thượng dĩ phụng tôn diêu chi trọng, hạ dĩ tự luân kỷ chi thường. Khôi vương hoa vu nhị nam, tự huy âm vu tam mẫu, phụ tá tiên khảo, ưu cần cảnh giới chi lư thâm; ung hữu diệu cung, phủ dục đề huề chi ân chí. Đãi vu kim nhật, thiệu ngã phi cơ. Quy mô nhất xuất vu từ vi, phụ thác ích chương vu tổ huấn. Trí thiên hạ chi dưỡng dĩ vị nhạc, vị tú tận vu hiếu tâm; cực vực trung chi thái dĩ vi tôn, thứ khắc xưng cơ ý mỹ. Thức tuân quý quý chi nghĩa, dụng khánh thân thân chi tình.
Cẩn khiển mỗ quan mỗ phụng sách, thượng tôn hào viết Hoàng thái hậu. Phúc duy châu tôn miên miên, trường tín mục mục, bị《lạc thư》chi tích phúc, sán khôn cực chi nghi thiên. Khởi hữu hậu nhân, vĩnh tích dận tộ.
”
— Hoàng thái hậu sách văn
Như vậy, trong số các chính thất Hoàng hậu nhà Nguyên, bà là người đầu tiên được ghi nhận lên ngôi Hoàng thái hậu. Mặc dù trước đó đã có hai vị Thái hậu là Khoác Khoác Chân và Đáp Kỷ, song họ chưa bao giờ làm Hoàng hậu mà được phong Thái hậu vì là Đế mẫu.
Năm Chí Trị thứ 2 (1322), Thái hậu A Nạp Thất Thất Lý băng thệ. Anh Tông truy thụy cho bà là Trang Ý Từ Thánh hoàng hậu (庄懿慈圣皇后), hợp táng với phu quân ở Nhân Tông miếu. Sách thụy văn viết:
Trí hiếu sở dĩ dương thân, dịch danh sở dĩ biểu hạnh. Thẩn vi thiên hạ mẫu nhi dưỡng phất đệ, lý thiên tử vị nhi báo tắc phong. Át thăng nhụ mộ chi tâm, tất tận khâm sùng chi lễ. Khâm duy tiên Hoàng thái hậu, túc minh khổn tắc, khắc tự huy âm. Phụ tá tiên triều, hữu cung kiệm tiết dụng chi thực; đản dục diệu chi, hữu cù lao cố phúc chi ân. Cửu tộc hàm dục vu nhân, tứ hải ngưỡng tân cơ hóa. Hạo thiên bất điếu, cảnh mệnh mỹ dung. Sảng thánh thiện chi trưởng vi, niệm phong du chi vị mẫn. Thị dụng du dương vu đồng sử, chính nghi phu dịch vu bảo từ. Viên cư di kinh, truy nghiêm huy hào.
Cẩn khiển nhiếp thái úy mỗ quan mỗ phụng ngọc sách ngọc bảo, thượng tôn hào viết Trang Ý Từ Thánh Hoàng hậu. Phúc duy thục linh như tại, hợp hưởng thái cung. Dám cách khổng chiêu, ưng từ cự điển. Âm tương phi tộ, ức vạn tư niên.
