1638 року він повернувся в Нідерланди як адмірал. Рейнірш поселився в Амстердамі і почав займатися торгівлею, однак він швидко втратив заощадження і був змушений повернутися назад в колонії. 24 квітня 1645 року він відплив на кораблі «Salamander». Прибув до Батавії 3 грудня. Наступного року він став членом Ради Індій.
Задачею Рейніша на посаді губернатора було впровадження нової політики по боротьбі з приватною торгівлею і перевиробництвом прянощів. За його наказом почали вирубувати зайві плантації, що призвело до заворушень в Західному Серамі, які були придушені лише 1658 року.
Через чотири роки невдоволене керівництво компанії, так звані «Сімнадцять панів» (нід.Heren XVII) вирішило змістити Рейнірша з посади. Був написаний лист, але відправлений він не був, оскільки Карел випередив керівництво, написавши заяву про звільнення за власним бажанням. Керівництво задовольнило його прохання, однак Карела Рейнірша на той час вже не було в живих- він помер 19 травня1653 року. Був похований в Батавії.