Коли у 1918 Литва проголосила незалежність, Йонас Чярнюс добровольцем записався до новоствореної литовської армії і взяв участь у Війні за незалежність Литви. Після перемоги закінчив Каунаську військову школу. Вивчати військову інженерію продовжив за кордоном: у Брюссельському вищому військово-інженерному училищі в 1929 та в Парижі у 1932.
Після повернення до Литви отримав звання підполковника та був призначений на посаду начальника військово-технічного штабу армії.
У 1934 йому присвоєно звання полковника.
У 1935 призначено на посаду начальника штабу збройних сил Литви. У 1937 військовика підвищено до бригадного генерала.
Навесні 1939 після передачі КлайпедиТретьому Рейху і відставки уряду Владаса Міронаса, Чярнюса за сприяння головнокомандувача Стасіса Раштікіса було призначено прем'єр-міністром країни[2]. 22 листопада на цій посаді його замінили близьким до президента Антанаса СмятониАнтанасом Мяркісом. Після відставки Чярнюс отримав звання генерал-майора і прийняв командування 1-ю Литовською дивізією.
Після окупації Литви Радянським Союзом у 1940 генерал-майор погодився вступити до Червоної армії, де був призначений начальником штабу 29-го стрілецького корпусу, сформованого з підрозділів колишньої литовської армії. При відступі радянської армії у 1941 залишився у Литві.
Щоб уникнути Другої радянської окупації Литви, у 1944 вимушений був разом з відступаючими німецькими військами евакуюватися до Німеччини.
↑А.Бумблаускас, А.Ейдинтас, А.Кулакаускас, М.Тамошайтис. Історія Литви кожному. — К.: «Балтія-Друк», 2018. — с. 299.
↑Algirdas Banevičius. 111 Lietuvos valstybės 1918—1940 politikos veikėjų: enciklopedinis žinynas. Vilnius: Knyga, 1991, 49 p. (лит.)
↑ Kazimieras Tamašauskas. Jonas Černius. Visuotinė lietuvių enciklopedija, T. IX (Juocevičius-Khiva). — Vilnius: Mokslo ir enciklopedijų leidybos institutas, 2006. — 317 psl. (лит.)