Коли ж після 988 року гоніння на християн припинилися, ченці вибралися з підпілля, заснували новий монастир і назвали його Видубицьким — за назвою місцевості. Віддавна біля Видубицького урочища була переправа через Дніпро, де «видибали» за допомогою «дубів» — човни із суцільного дуба.
Будівництво архітектурних споруд монастиря, що збереглись до наших днів, розпочалось у другій половині XI століття князем Всеволодом, сином Ярослава Мудрого, поблизу його заміської резиденції — Красного двору. Вперше згадується в Повісті минулих літ під 1070 роком. Спочатку називався за іменем фундатора — Всеволода, згодом — за місцевістю — Видубицьким.
У радянські часи на території Видубицького монастиря було розміщено Інститут археології Академії наук України. У 1967–1982 роках всі споруди ансамблю відреставровані під керівництвом відомого українського архітектора-реставратора Раїси Бикової.
Архітектурний комплекс Видубицького монастиря із заходу виходить до Дніпра, а з інших трьох боків оточений крутими схилами, на яких висаджено релікти Національного ботанічного саду.
Каплиця церкви архістратига Михаїла — пам'ятка архітектури середини XVII ст. Ця невеличка будівля відспівування розташована з південної сторони Михайлівського собору.
Братський корпус — пам'ятка архітектури 1845–1851 років
Будинок настоятеля — пам'ятка архітектури 70-х років XVIII ст. Архітектори М. І. Юрасов, Ф. Пайоф; перебудовано архітектором Е. Ф. Єрмаковим у 1896 році
Найдавнішим храмом монастиря є Михайлівський собор, побудований у XI ст. у характерній для того часу техніці змішаного мурування (лат.opus mixtus). Нині від колишнього великого храму збереглась західна частина, а східна відома лише за розкопками фундаментів.
Центром усього ансамблю є Георгіївська церква, яку найчастіше називають собором за її домінуючу роль у композиції монастиря.
Наприкінці XIX століття ченцем монастиря був православний святий Йона Київський, учень преподобного Серафіма Саровського. Згідно з текстом його «Житія», саме тут він отримав божественне одкровення про точне місце заснування в Києві Свято-Троїцького Іонинського монастиря.
Настоятелі монастиря
Антоній Почока (початок XVIII ст. — після 1784) — український освітній та релігійний діяч доби Гетьманщини, ігумен у 1756–1762.
Севастіан (Возняк) (15 листопада 2002 — 13 грудня 2006) — намісник монастиря в сані архімандрита. 13 грудня 2006 року Священний Синод УПЦ Київського патріархату (Журнал засідання № 29) обрав архімандрита Севастіана єпископом Чернігівським та Ніжинським.
Епіфаній (Думенко) (2008–2010) — намісник монастиря в сані архімандрита, а з 15 листопада 2009 року в сані єпископа Вишгородського, вікарія Київської єпархії УПЦ Київського Патріархату.
Епіфаній (Думенко) (2010 — 15 грудня 2018) — в. о. намісника монастиря, керуючий Переяславською єпархією УПЦ Київського Патріархату. 15 грудня 2018 року на Об'єднавчому соборі у Святій Софії обраний митрополитом Київським і всієї України, Предстоятелем Православної церкви України.
Кілессо Т. С. Видубицький монастир. — К. : Техніка, 1999. — 127 с.: іл. — ISBN 966-575-171-9.
Вечерський В. В. Українські монастирі. — К. : Наш час, 2008. — 400 с. — (Сер. «Невідома Україна»). — ISBN 978-966-1530-06-4.
Козловський С. Вплив чернецтва на формування категорії «держава» у колективній ментальності населення Київської Русі (ХІ-ХІІІ ст.) / Сергій Козловський // «Видубицький Михайлівський монастир — погляд крізь віки». Збірник матеріалів наукової конференції присвяченої 940-літтю Свято-Михайлівського Видубицького монастиря. — К. : Видавництво Видубицького Свято-Михайлівський монастиря 2010. — С. 372—383.