У дорослому футболі дебютував 1994 року виступами за «Аргентинос Хуніорс», в якому провів один сезон, взявши участь у 20 матчах чемпіонату.
Протягом сезону 1995—1996 років захищав кольори «Ювентуса».
Своєю грою за останню команду привернув увагу представників тренерського штабу клубу «Рівер Плейт», до складу якого приєднався 1996 року. Відіграв за команду з Буенос-Айреса наступні чотири сезони своєї ігрової кар'єри. За цей час тричі виборював титул чемпіона Аргентини.
Завершив професійну ігрову кар'єру у клубі «Крузейру», у складі якого вже виступав раніше. Вдруге Хуан Пабло прийшов до команди 2008 року і захищав її кольори до припинення виступів на професійному рівні у 2009 році.
Виступи за збірну
1998 року дебютував в офіційних матчах у складі національної збірної Аргентини. Протягом кар'єри у національній команді, яка тривала 9 років, провів у формі головної команди країни 76 матчів, забивши 12 голів.