Закінчивши гімназію, Пилипенко вступив на історичний факультет Київського університету (відділ славістики)[1]. 1912 року за революційну діяльність Сергія Пилипенка відрахували з університету та вислали з Києва без права в'їзду в університетські міста.
До Першої світової війни Пилипенко вчителював у Броварах. Улітку 1914 року Пилипенка призвали в російську армію і відправили на фронт. Там він пройшов шлях від рядового до капітана, здобув усі бойові офіцерські нагороди, був тричі поранений і двічі контужений. У військовому середовищі вів революційну пропаганду, 1917 року редагував у Ризі фронтову газету «Український голос».
1918 року, після демобілізації, Пилипенко повернувся до Києва, примкнув до місцевої групи УПСР, що гуртувалася навколо газети «Народна воля», став її редактором. Брав участь в організації повстання проти гетьмана Павла Скоропадського, за що три місяці відсидів у в'язниці.
На початку 1919 року, вступивши в суперечку з лідерами есерів і есдеків щодо ставлення до Радянської влади, Пилипенко оголосив про вихід з УПСР і 13 березня вступив у Комуністичну партію більшовиків.
Працював переважно як редактор партійних і радянських газет («Більшовик», «Вісті», «Комуніст»), в редакційних відділах Всевидаву, завідував видавництвом ЦК КП(б)У «Космос». У часи військових кампаній проти Денікіна і «білополяків» командував бригадою Червоної армії. Саме його вважають прототипом редактора Карка з однойменної новели Хвильового.
Після закінчення Українських визвольних змагань редагував газету «Селянська правда», обіймав керівні посади у видавництвах «Книгоспілка», ДВУ.
Від 1922 року був головою створеної ним спілки селянських письменників «Плуг» і був редактором її видань, зокрема журналу «Плужанин». Був одним із основних опонентів М. Хвильового у літературній дискусії 1925—1928 рр.
У 1932—1933 рр. був директором створеного партією при Народному комісаріаті освіти Інституту Тараса Шевченка[3] і згуртував там коло себе групу молодих дослідників літератури, здебільшого членів «Плугу», до якої входили Григорій Костюк, Юрій Савченко, Андрій Панів та розстріляні в грудні 1934 року Р. Шевченко, Кость Півненко, Гнат Проценко і Сергій Матіяш.
Арешт і загибель
Постановою партійної колегії ЦКК КП(б)У від 21 серпня1933 року Пилипенка виключено з партії «як небільшовика за спотворення національної політики, ідеологічну нестійкість і примирливе ставлення до буржуазно-націоналістичних елементів».
Після трусу на квартирі в будинку «Слово» 29 листопада1933 року Пилипенка арештували.
Судова «трійка» 23 лютого1934 року порушила клопотання перед Колегією ОДПУ застосувати до Пилипенка «найвищу міру соціального захисту — розстріл». Колегія ОДПУ УРСР 3 березня1934 року затвердила цю пропозицію.
Постановою Військового трибуналу Київського військового округу від 30 квітня1957 року вирок щодо Пилипенка скасовано і справу припинено за відсутністю складу злочину. Сергія Пилипенка реабілітовано посмертно.
2007 року видавництво «Смолоскип» у серії «Розстріляне відродження» видало «Вибрані твори» Сергія Пилипенка. На сьогодні це найповніше зібрання, яке розкриває різні грані творчості письменника. До книги увійшли байки, прозові твори, статті, рецензії, написані у 1920-ті — на початку 1930-х років, матеріали діяльності Спілки селянських письменників «Плуг», засновником і незмінним керівником якої був Сергій Пилипенко, а також спогади сучасників про нього.
Пам'ять
21 червня1998 року в Харкові на будинку № 4 на майдані Рози Люксембург — колишньому Селянському будинку, де у 1920-х роках мешкав Сергій Пилипенко, відкрито меморіальну дошку, присвячену йому.
Автор меморіальної дошки — дочка письменника, скульптор із США Міртала Пилипенко. Вона виконала бронзовий портрет батька на фоні землі, що розтріскалась. Це символ розколотого життя письменника. Під портретом — початок вірша Міртали, присвяченого батькові:
«Хай проб'ється голос мій
крізь час, землю і море —
я тобі свою пам'ять несу,
і любов, і тугу, і горе.»
Меморіальну дошку виготовлено на кошти дочок Пилипенка — Ести та Міртали. Саме в день відкриття меморіальної дошки у Харкові в США, де живуть сестри, святкувався День батька, до якого і приурочили вони свій приїзд у місто свого дитинства, щоб увічнити пам'ять про батька.
Пилипенко Сергій Володимирович // Письменники Радянської України : біобібліографічний довідник / упоряд.: Олег Килимник, Олександр Петровський. — К. : Радянський письменник, 1970. — 540 с. — С. 340.