Назва міста походить від однойменної річки, яка, у свою чергу, має мерянське коріння.
Поселення Нерехта згадується 1362 у житії святого Пахомія, що заснував у 3 верстах від міста монастир. 1764 монастир перетворений на просту парафіяльну церкву.
Близько 1609 року Нерехта була спалена і спустошена; за описом 1627 року будинки тут наполовину стояли пустими, солеварні були залишені. Солеваріння остаточно зупинилось в XVIII столітті. До 1778 року Нерехта була передмістям Костромського повіту, а потім зроблене повітовим містом. За описом 1764 року в Нерехті були багаті купці і ремесленики; мешканці з успіхом займалися огородництвом; були 3 ярмарки і щотижнево базари.