У дорослому футболі Марк Макгі дебютував 1975 року виступами за команду клубу «Грінок Мортон», в якій зарекомендував себе молодим багатообіцяючим форвардом. У грудні 1977 він переїхав до Англії, підписавши контракт з «Ньюкасл Юнайтед». Незважаючи на обнадійливий старт на «Сент-Джеймс Парк», Макгі вибув з обойми через тренерські зміни в команді. Макгі повернувся на північ в березні 1979 як перший великий трансфер Алекса Фергюсона в «Абердин».
Він дебютував за «Абердин» 1 квітня 1979 в матчі проти свого колишнього клубу «Грінок Мортон». Це був початок найуспішнішої частини ігрової кар'єри Макгі. В наступному сезоні він здобув перший великий титул, коли «Абердин» став чемпіоном Шотландії, вперше за 15 років порушивши панування «Олд Фірм». З «Абердин» Макгі виграв ще один чемпіонський титул в 1984 році, а також здобув три Кубка Шотландії поспіль з 1982 по 1984 роки. Марк посприяв перемозі «Абердина» над «Реалом» з рахунком 2-1 у фіналі Кубка володарів кубків сезону 1982-83, віддавши гольовий пас на Джона Г'юіта. Макгі також виграв Суперкубок Європи в наступному сезоні, відзначившись голом у ворота «Гамбурга» у другому матчі на «Піттодрі».
Перехід Марка до «Гамбурга» влітку 1984 року не став успішним і він повернувся до Шотландії в «Селтік» 18 місяців потому. Макгі здобув ще один титул чемпіона Шотландії в сезоні 1985-86, коли «Селтік» обійшов в турнірній таблиці «Хартс» завдяки кращій різниці забитих-пропущених м'ячів. У наступному році Макгі рідко з'являвся у стартовому складі через травму і конкуренцію з боку Мо Джонстона і Браяна Макклера. Тим не менш, вихід декількох гравців зі складу команди влітку 1987 дав йому нове життя на «Селтік Парк». Марк виграв ще один шотландський Кубок у 1989 році і став найкращим бомбардиром «Селтіка» того сезону, розділивши звання найкращого бомбардира шотландської прем'єр-ліги з гравцем «Абердина» Чарлі Ніколасом. Згодом з 1989 по 1991 рік Марк Макгі грав у складі «Ньюкасл Юнайтед» та «Браге». Завершив професійну ігрову кар'єру у клубі «Редінг», за команду якого виступав протягом 1991—1993 років як граючий тренер.
Виступи за збірну
1983 року дебютував в офіційних матчах у складі національної збірної Шотландії. Протягом кар'єри у національній команді, яка тривала усього 2 роки, провів у формі головної команди країни 4 матчі, забивши 2 голи.