1996—1997 — головний консультант, Секретаріат ВР України.
24 квітня 1997 року призначений Верховною Радою України на посаду Першого заступника Голови Рахункової палати[8]. 17 червня 2004 року звільнений Верховною Радою України з посади Першого заступника Голови Рахункової палати у зв'язку із закінченням терміну повноважень[9][10].
З січня 2006 по червень 2015 року обіймав посаду радника Голови СБУ. Звільнився з роботи через погіршення стану здоров'я.
У березні 2017 року зусиллями благодійної організації ветеранів СБ України про екскерівника Служби видано книжку спогадів «Життя — Вітчизні. Голова СБ України генерал-полковник Маліков. З нагоди 75-річчя»[11].
У Харкові встановлено меморіальну дошку на фасаді будинку, в якому мешкав Маліков, за адресою: вулиця Культури, 23[12].
↑Життя — Вітчизні. Голова СБ України генерал-полковник Маліков /автори-упор. О. Ф. Бєлов, А. М. Бєляєв, С. В. Шевченко. З нагоди 75-річчя. — К. : СБ України ; Нац. акад. СБ України, 2017. — С. 7.
Джерела
Життя — Вітчизні. Голова СБ України генерал-полковник Маліков /автори-упор. О. Ф. Бєлов, А. М. Бєляєв, С. В. Шевченко. З нагоди 75-річчя. — К. : СБ України ; Нац. акад. СБ України, 2017. — 164 с. — ISBN 978-966-8916-68-7.