Магдалена Августа народилась 13 жовтня 1679 року у Цербсті. Вона була третьою дитиною і єдиною донькою в родині князя Ангальт-Цербсту Карла Вільгельма та його дружини Софії Саксен-Вайссенфельської. Дівчинка мала старших братів Йоганна Августа та Карла Фрідріха.
У 16 років пошлюбилась із 19-річним герцогом Саксен-Гота-АльтенбургуФрідріхом II. Весілля відбулося 7 червня 1696 року в Готі. Шлюб виявився щасливим. Про це свідчать листи, що їх писала Магдалена Августа своєму чоловікові.[2] У подружжя народилося шістнадцятеро живих дітей:
Йоганн Адольф (1721—1799) — одружений не був, дітей не мав.
Свою доньку Августу, що мала стати нареченою британського принца, відмовилася навчати англійської мови, мотивуючи це тим, що «це зовсям не потрібно, оскільки Ганноверська родина знаходиться на перстолі вже більше двадцяти років, і англійський народ, і, особливо, при дворі, мають розмовляти німецькою так же добре і часто, як і англійською».
Чоловік Магдалени Августи пішов з життя у 1732 році. Герцогство перейшло їхньому сину Фрідріху.