Народився 7 вересня1984 року в місті Паранавай. Вихованець футбольної школи клубу «Корітіба». Дорослу футбольну кар'єру розпочав 2004 року в основній команді того ж клубу, в якій провів два сезони, взявши участь у 49 матчах чемпіонату.
Протягом сезону 2005/06 років захищав кольори французького «Сошо», після чого повернувся на батьківщину, ставши гравцем «Сан-Паулу», до складу якого приєднався в серпні 2006 року. У тому ж році він виборов титул чемпіона Бразилії, а 2007 року зв'язка з трьох захисників у складі Міранди, Брено і Алекса Сілви стала найкращою в Бразилії, а клуб став вдруге поспіль чемпіоном країни. 2008 року Міранда вже разом із Родріго Балдассо і Андре Діасом склав найкращу оборонну лінію чемпіонату і «Сан-Паулу» досяг рекордного третього поспіль і загалом шостого титулу чемпіона Бразилії.
2011 року уклав контракт з клубом «Атлетіко», у складі якого провів наступні чотири роки своєї кар'єри гравця. У першому ж сезоні клуб виграв Лігу Європи, а в матчі за Суперкубок УЄФА Міранда забив один із голів у ворота «Челсі» (4:1) і допоміг «матрацникам» виграти другий євротрофей за рік. У сезоні 2012/13 Міранда виграв з клубом Кубок Іспанії, а наступного року став чемпіоном країни. А останнім трофеєм для бразильця у складі мадридського клубу став Суперкубок Іспанії 2014 року.
Граючи у складі «Атлетіко» також здебільшого виходив на поле в основному складі команди.
30 червня 2015 року Жуан Міранда підписав контракт з італійським клубом «Інтернаціонале». Сума трансферу склала близько 15 мільйонів євро. За чотири роки виступів в Італії відіграв за «нераззуррі» 109 матчів у національному чемпіонаті.
26 липня 2019 року дію контракту бразильця з «Інтером» було припинено за обопільною згодою. Невдовзі Жуан Міранда став гравцем китайського «Цзянсу Сунін».
Виступи за збірну
Міранда викликався до складу національної збірної Бразилії з 2007 року[1][2], але лише 1 квітня 2009 року дебютував в офіційних матчах у складі національної збірної Бразилії в матчі відбору на чемпіонат світу 2010 року проти Перу, замінивши травмованого Луїзао[3]. Того ж року поїхав зі збірною на Кубок конфедерацій 2009 року у ПАР, здобувши того року титул переможця турніру. Тим не менш Жуан зіграв лише в одній грі групового етапу проти США, програвши конкуренцію Андре Сантосу.
Основним гравцем збірної став лише з 2014 року, коли збірну очолив Дунга, виступаючи в парі з Давідом Луїсом[4]. Цим тренером Міранда був включений у заявку збірної на Кубок Америки 2015 року у Чилі[5]. Після вилучення Неймара у першому матчі команди проти збірної Колумбії (якого дискваліфікували до кінця турніру), Міранда був призначений капітаном[6], але збірна вилетіла вже у чвертьфіналі. Наступного року на Кубку Америки 2016 року у США Міранда вже не був основним[7] і вийшов на полі лише в третьому матчі групового етапу проти Перу. Бразильці той матч програли 0:1 і сенсаційно не вийшли з групи.