Своєю грою привернув увагу представників тренерського штабу «Свонсі Сіті», до складу якого приєднався 2003 року. Відіграв за валійську команду наступні три сезони своєї ігрової кар'єри, проте і тут стати основним голкіпером не зміг.
2007 року Мерфі повернувся на Батьківщину і уклав контракт з клубом «Богеміан», у складі якого провів наступні три роки своєї кар'єри гравця. Більшість часу, проведеного у складі «Богеміана», був основним голкіпером команди і допоміг команді 2008 року виграти кубок Ірландії та чемпіонат країни, а наступного року — кубок ірландської ліги і знову чемпіонат.