Станція була відкрита 23 жовтня 1842 року як станція Франкфуртер, кінцева станція 81 км залізничної лінії до Франкфурта-на-Одері через Фюрстенвальде (Шпрее).
В 1845 році раніше незалежна залізниця Берлін–Франкфурт об’єдналася в Niederschlesisch-Märkische-Eisenbahngesellschaft[en], метою якої було продовження лінії від Франкфурта до Бреслау.
Після того, як в 1852 році лінії NME перейшли під оруду Прусської держави, станція була перейменована на «Schlesischer Bahnhof» (Сілезька станція).
В 1867 році було відкрито Старий Східний залізничний вокзал[en] (також званий Кюстрінерським залізничним вокзалом), кінцеву станцію лінії Прусської Східної залізниці[en], розташовану трохи на північ від сучасної станції Берлін-Східний.
В 1882 році Старий східний залізничний вокзал було закрито, а Сілезький залізничний вокзал був перебудований на нинішньому місці, коли почалося будівництво Берлінського штадтбану, надземної залізниці через центр Берліна, побудованої для з’єднання основних станцій міста.
Штадтбан було завершено в 1886 році; дві з чотирьох колій згодом утворили один з основних маршрутів Berlin S-Bahn.
Станція була серйозно пошкоджена стратегічними бомбардуваннями під час Другої світової війни і була повністю відновлена східнонімецькою залізницею Deutsche Reichsbahn[en].
В 1950 році його було перейменовано на Берлін-Східний, оскільки після впровадження лінії Одер-Нейсе колишня Сілезія тепер була в основному частиною Польщі, а її німецьке населення було вигнано.
Спогади про німецьку історію Сілезії були придушені Німецькою Демократичною Республікою.
Після поділу Німеччини станція разом із Берлін-Ліхтенбергом була однією з двох головних залізничних станцій у Східному Берліні.
Берлінський мур розташовувався лише за 200 м від станції; сьогодні ця частина є East Side Gallery[en], найдовший фрагмент Берлінського муру, що вцілів.
З Берлін-Східний курсували експреси до Лейпцига, Галле та Дрездена.
Станцію знову обслуговували міжнародні поїзди, такі як Віндобона[en] до Відня.
В 1987 році післявоєнну будівлю було знесено, і станцію почали перебудовувати як головний вокзал Східного Берліна, який перейменували на Берлін-Головний.
Проект передбачав будівництво готелю і велику зону приймання для високопоставлених гостей радянського блоку.
Однак лише частина робіт була завершена до моменту возз’єднання Німеччини в 1990 році.
Частково збудований готель було знесено на початку 1990-х років.
В останні роки
В 1998 році, станцію було перейменовано на Берлін-Східний, відновивши назву 1950-1987 років.
Через рік почалися роботи зі знесення вокзалу та його повторна реконструкція, яка була завершена у 2002 році.
Від споруди 1980-х років мало що залишилося, за винятком адміністративного блоку, деяких елементів фасаду та частин конструкції платформи.
Характеристики
Станція має 11 колій і 9 платформ. 5 платформ використовуються для основної лінії та 4 для S-Bahn . 2 доріжки прохідні.