У 1991 році Фернандеса було обрано мером Кільмеса. У 1995 році він став провінційним сенатором й очолив комітет охорони здоров'я. Виграв нагороду найкращого сенатора у 1996 році. У червні 1997 року його було призначено на посаду помічника міністра внутрішніх справ та юстиції провінції. У грудні 1999 року губернатор Карлос Рукоф призначив його на пост секретаря у питаннях праці та допоміг йому стати першим міністром праці у провінції у 2001 році.
У січні 2002 року президент Едуардо Дуальде призначив Фернандеса на пост генерального секретаря адміністрації Президента, а у жовтні того ж року — на пост міністра промисловості. У 2003 році Нестор Кіршнер призначив його на посаду міністра внутрішніх справ. Дружина і наступниця Нестора Кіршнера на посту президента Крістіна Кіршнер призначила Фернандеса на пост глави уряду. Цю посаду він обіймав до кінця 2011 року.
Фернандес одружений, має сина. Він є палким прихильником та вболівальником футбольного клубу Кілмес Атлетико.