Hughes blev 1902 invald i representanthuset. Han kandiderade i kongressvalet 1904 till omval men besegrades av republikanenHenry C. Allen som sedan inte kandiderade till omval i kongressvalet 1906. Hughes kom tillbaka i kongressvalet 1906 och han omvaldes två gånger. Han avgick som kongressledamot i september 1912 för att arbeta som domare i Passaic County.
Hughes efterträdde 1913 Frank O. Briggs som senator för New Jersey. Han avled i ämbetet och hans grav finns på Cedar Lawn Cemetery i Paterson.