Åren 1940-1941 var Bartoszewski politisk fånge i Auschwitz och efter frigivningen deltog han i motståndsrörelsen, i hemarmén Armia Krajowa, och deltog i Warszawaupproret 1944. Under kommunistregimen fängslades han tre gånger, först 1946-1948 och 1949-1954 under stalinisttiden, och därefter 1981-1982 under Wojciech Jaruzelskis undantagstillstånd. Han arbetade på den katolska veckotidningen Tygodnik Powszechny och undervisade i modern historia vid det katolska universitetet i Lublin. Åren 1972-1982 var han ordförande i polska PEN-klubben. Bartoszewski spelade en viktig roll för att normalisera förhållanden mellan Polen och Tyskland samt Israel. För sin aktiva hjälp för judar under andra världskriget fick han 1963 den israeliska utmärkelsen Rättfärdig bland folken.
Bartoszewski var författare till ett 40-tal böcker om bland annat Polens historia under och efter andra världskriget, förintelsen samt polska relationer till judar och tyskar.