Församlingen har medeltida ursprung. Namnet var före 1923 Stora Uppåkra församling. 1965 införlivades Flackarps församling.
Församlingen var till 1962 moderförsamling i pastoratet (Stora) Uppåkra och Flackarp. Från 1962 till 2002 moderförsamling i pastoratet Uppåkra, Knästorp, Tottarp, Görslöv, Särslöv och Mölleberga som före 1965 även omfattade Flackarps församling.[4]
2002 införlivades Knästorps församling, Tottarps församling, Görslövs församling, Särslövs församling och Mölleberga församling. Uppåkra församling utgör sedan dess ett eget pastorat.[5]
^ [ab] Medlemmar i Svenska kyrkan i förhållande till folkmängd den 31.12.2019 per församling, kommun och län samt riket, Svenska kyrkan, läs online.[källa från Wikidata]