I Finska inbördeskriget var Walden bl.a. chef för Vasa militärdistrikt 20 februari till 5 mars, Högkvarterets etappchef 5 mars till 6 maj och de erövrade områdenas skyddschef 6 till 22 maj. Han var krigsminister 28 november 1918 till 15 augusti 1919 samt överbefälhavare för armén och skyddskårerna 27 november till 30 december 1918.
Walden blev högkvarterets - dvs. Mannerheims - representant i Statsrådet under Vinterkriget 3 december 1939 till 27 mars 1940. Walden var försvarsminister 27 mars 1940 till 27 november 1944 och samtidigt en av krigstidens centrala påverkare, medlem av den sk. inre cirkeln. Uppehöll politiskt viktiga kontakter med Sverige och Förenta Staterna.
De sista krigsåren var speciellt tunga för Walden. Hans yngste son föll i Siiranmäki under en rysk artillerioffensiv. Walden deltog i alla de tre förhandlingar som det självständiga Finland förde om fredsvillkor med Ryssland: i Dorpat i Estland 1920 och i Moskva 1940 och 1944. Efter hårda fredsförhandlingar och oavbruten stress drabbades Walden av en hjärnblödning. Han blev förlamad och avled två år senare.
Civil gärning
Walden omorganiserade finska pappersindustrin, konsoliderade och grundade skogsindustribolagetYhtyneet Paperitehtaat Oy. Walden blev den förste presidenten i finska papperbruksförening Suomen paperitehtaiden yhdistys och försäljningsorganisation Finnpap.
Familj
Rudolf Walden var far till Juuso Walden, som 1940 blev verkställande direktör i familjeföretaget Yhtyneet Paperitehtaat Oy.