Församlingen har utgjort och utgör ett eget pastorat. 1680 utbröts Galtströms bruksförsamling som 1868 återgick i denna församling. 1854 utbröts Svartviks församling som 1906 återgick i denna församling.[3]
Den lokala nomineringsgruppenKyrkvärnet i Njurunda församling (KV) styr sedan kyrkovalet 2021 Njurunda församling i samarbete med Borgerligt Alternativ (BorgA) och Miljöpartister i Svenska kyrkan (MPSK). Socialdemokraterna (S) sitter i opposition.
Ordförandeskapet i Kyrkorådet har sedan kyrkans separation från staten vid millennieskiftet växlat mellan de två stora nomineringsgrupperna, Socialdemokraterna (2002-2005, 2014-2021) och Kyrkvärnet (2006-2013, 2022-2025).
2009 ställde nomineringsgruppen Sverigedemokraterna upp för första gången i Njurunda församling men samlade endast 15 röster (1,27 %) och fick inget mandat i Njurunda kyrkofullmäktige.
2017 ställde två nya nomineringsgrupper (utöver Kyrkvärnet och Socialdemokraterna) upp i kyrkovalet; Miljöpartister i Svenska kyrkan och Borgerligt Alternativ. Borgerligt Alternativ företräddes av en ledande företrädare som under tidigare val kandiderat under Kyrkvärnets namn. MPSK skulle efter valet komma att samarbeta med Socialdemokraterna och bilda majoritet under mandatperioden 2017-2021.
I kyrkovalet 2021 sjönk valdeltagandet efter en kraftig uppgång i valet 2017, men valresultatet lämnade mandatförhållandena oförändrade i kyrkofullmäktige. Kyrkvärnet inledde dock förhandlingar med Borgerligt Alternativ och Miljöpartister i Svenska kyrkan, något som resulterade i att en ny majoritet kunde bildas.
^ [ab] Medlemmar i Svenska kyrkan i förhållande till folkmängd den 31.12.2019 per församling, kommun och län samt riket, Svenska kyrkan, läs online.[källa från Wikidata]