Den grekiska moussakan består av lager av malt lamm[3] eller rött kött, skivade auberginer och ibland tomater, toppat med sås eller äggstanning med ost och därefter gräddad. Den turkiska musakkan, till skillnad mot den grekiska, är inte i lager. Istället består den av sauterad eller stekt aubergine, grön paprika, tomat, lök och malt kött. Den äts tillsammans med cacık och pilaff. Det finns även varianter med zucchini, morötter och potatis.
I arabvärlden är moussaka en tillagad sallad bestående av huvudsakligen tomater och aubergine, liknande den italienskacaponatan, och den serveras vanligtvis som en kall mezerätt.