År 2006 blev han utsedd till assisterande tränare för Prince Albert Raiders (WHL), han var där dock bara en säsong innan han fick samma arbetsuppgifter hos ligakonkurrenten Kootenay Ice (WHL). År 2010 blev Knoblauch befordrad till att vara tränare för Ice. År 2012 lämnade han ishockeylaget och blev assisterande tränare för Kimberley Dynamiters i Kootenay International Junior Hockey League (KIJHL). I november samma år blev Knoblauch utnämnd till tränare för Erie Otters (OHL). År 2017 fick han chansen att arbeta inom NHL och blev assisterande tränare för Philadelphia Flyers. Två år senare blev det klart att Hartford Wolf Pack (AHL) hade utsett Knoblauch till ny tränare. Den 12 november 2023 meddelade Edmonton Oilers (NHL) att de hade sparkat sin tränare Jay Woodcroft och utsett Knoblauch till ersättaren.[3]