* Antal matcher och mål i seniorklubbar räknas endast för de inhemska ligorna och är korrekt per den 28 september 2022. ** Antal landskamper och mål är korrekta per den 4 februari 2022[1].
Jesper Nielsen började spela handboll i Norrköpings AIS. 2005 blev det flytt till Göteborg för studier på Katrinelundsgymnasiet och spel i HP Warta, där han var med och tog PSM-silver 2006 och JSM-silver 2007. 2008 värvades han till IK Sävehof. Efter fem säsonger[2] med tre SM-titlar var det dags för att bli proffs i tyska Bundesliga och klubblaget Füchse Berlin.[3] Där blev det tre år innan det var dags för europeiska storklubben Paris Saint-Germain HB.[4]
Jesper Nielsen debuterade i A-landslaget vid träningsturneringen Super Cup i Tyskland i november 2011.[5] Vid EM 2014 i Danmark debuterade han i mästerskapssammanhang. Sedan dess har Jesper Nielsen blivit en ordinarie landslagsspelare i det svenska landslaget. 2016 deltog han vid OS i Rio de Janeiro. Vid EM 2018 i Kroatien var han en bidragande orsak till att Sverige överraskande tog silver. Nielsen drog ett tungt lass både offensivt och defensivt, då den ordinarie anfalls-mittsexan Andreas Nilsson inte deltog på grund av att han skulle bli förälder. Nielsens insats belönades med en plats i turneringens all star-lag, som bästa mittsexa.