Han hade i egenskap av teologisk författare stort inflytande på den andliga odlingen i Sverige, bland annat eftersom han därmed var universitetets prokansler. Hans läroböcker i teologi, särskilt hans Epitome repetitionis theologicæ (tryckt i flera upplagor från 1734, översatt 1737), anbefalldes av ständerna till bruk vid de offentliga läroverken och användes ett helt århundrade. Han bevistade nästan alla riksdagar 1719–47, där han tillhörde hattpartiet och där han såsom ärkebiskop var talman för prästeståndet. Han dog under 1746–47 års riksdag.
Han bekämpade pietismen och åtog sig 1726 på prästerskapets anmodan att lägga i dagen Johann Konrad Dippels verksamhet och väckte 1731 åter fråga om utgivandet av en "publica censura" över dennes läror. Han var 1728 drivande i processen mot Thomas Leopold. År 1734 fäste han prästerskapets uppmärksamhet på Erik Tolstadius verksamhet. Benzelius höll 1736 likpredikan över Jesper Svedberg. Såsom ärkebiskop vigde han kung Adolf Fredrik och drottning Lovisa Ulrika, och döpte kronprins Gustav.