Församlingen bildades genom utbrytning ur Bunge församling, senast 1324. Församlingen utgjorde till 1962 ett eget pastorat, för att från 1962 vara annexförsamling i pastoratet Bunge, Fårö, Fleringe och Rute.[4] Från 2010, när Rute och Fleringe församlingar uppgick i Bunge församling, så bildade Fårö församling till 2014 pastorat med enbart Bunge församling.[5] Från 2014 ingår församlingen i Norra Gotlands pastorat.[6]
^Stift, kontrakt och pastorat i nummerordning med ingående församlingar 2020-01-01, SCB, läs online.[källa från Wikidata]
^ [ab] Medlemmar i Svenska kyrkan i förhållande till folkmängd den 31.12.2019 per församling, kommun och län samt riket, Svenska kyrkan, läs online.[källa från Wikidata]